Cartographie transcriptionnelle du cancer de l'ovaire à l'échelle de la cellule unique
En 2020, le cancer épithélial de l'ovaire (CEO) représente 313 959 nouveaux cas et 207 252 décès dans le monde. La survie nette standardisée à 5 ans d'une femme atteinte d'un CEO est de 44 % pour les cas diagnostiqués entre 2005 et 2010. Cela s'explique par le fait que 2 cancers sur 3 sont découverts à un stade avancé, avec une extension au-delà des ovaires à l'ensemble du péritoine ou des métastases à distance. Le traitement du CEO repose actuellement sur une chimiothérapie à base de platine associée au paclitaxel et sur une chirurgie de cytoréduction maximale. De nouvelles associations thérapeutiques peuvent être introduites, telles que le bévacizumab et les inhibiteurs oraux de la poly(ADP-ribose) polymérase (PARP). Malgré l'association de différentes modalités thérapeutiques, la survie à 5 ans n'a que peu progressé depuis les années 1980. Le développement de traitements nouveaux et plus efficaces est essentiel, mais nécessite une meilleure compréhension de l'hétérogénéité tumorale et l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques. L'hétérogénéité tumorale résulte de variations génétiques et transcriptionnelles entre tumeurs, mais aussi entre les cellules d'une même tumeur. Cette hétérogénéité a un impact sur le développement de la tumeur et sa résistance au traitement. L'une des méthodes permettant d'étudier cette hétérogénéité est le séquençage d'ARN en cellule unique (scRNAseq), qui permet d'analyser individuellement et simultanément l'expression génique (transcriptomique) de milliers de cellules. Des études sur le CEO utilisant cette technique ont déjà été réalisées, mais elles portaient sur de faibles effectifs, avec des types et des stades tumoraux très différents. L'objectif de ce protocole est de caractériser par scRNA-seq l'architecture et le microenvironnement des tumeurs primaires et secondaires de 50 patientes atteintes d'un CEO à l'échelle de la cellule unique, et de corréler ces données avec les caractéristiques cliniques des patientes, notamment lors de la récidive et/ou de la chimiorésistance, afin d'identifier les paramètres moléculaires permettant aux cellules tumorales d'acquérir des capacités de survie, d'invasion, de dissémination métastatique et de chimiorésistance, ainsi que de dresser l'inventaire des populations cellulaires au sein des différents sites du CEO. Nous analyserons également l'interaction entre les cellules tumorales et le microenvironnement, en étudiant d'une part l'implication des cellules immunitaires dans la réponse antitumorale, et d'autre part la façon dont les cellules tumorales modulent le microenvironnement pour le rendre permissif au développement du CEO. Nous comparerons les données obtenues pour chaque patiente avec un tissu sain (provenant de la même patiente) afin de déterminer les signatures moléculaires tumorales communes et spécifiques dans le CEO, ce dernier point permettant d'évaluer la variabilité intra- et inter-patiente. De même, la comparaison du profil transcriptomique d'un même sous-type tumoral chez plusieurs patientes permettra de déterminer si certaines perturbations transcriptionnelles sont ubiquitaires. L'identification de ces voies communes permettrait de découvrir de potentielles cibles thérapeutiques. Par ailleurs, les processus moléculaires conduisant à la chimiorésistance restent inconnus. Nous étudierons la présence, dans les cellules tumorales des sites primaires, de marqueurs de chimiorésistance connus, et si leur présence est corrélée à la réponse au traitement chez les patientes. Nous étudierons également les mécanismes moléculaires de résistance au traitement chez nos patientes, ce qui permettra à terme le développement de nouvelles thérapies. Nous chercherons également à identifier de nouveaux marqueurs pronostiques, ce que permet le suivi clinique des patientes.
18 à 80 ans · Réf. NCT05030805
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