Recrutement en cours

Cartographie transcriptionnelle du cancer de l'ovaire à l'échelle de la cellule unique

Promoteur : University Hospital, Strasbourg, France

Titre et résumé traduits de l’anglais par le portail, à partir de la fiche publiée par le registre source, le 14 septembre 2026. Traduction automatique, sans relecture médicale : elle ne modifie ni n’interprète le contenu ; en cas de doute, le texte original fait foi.

Texte original (anglais)

Transcriptional Map of Ovarian Cancer at the Single Cell Level

In 2020, epithelial ovarian cancer (EOC) accounts for 313,959 new cases and 207,252 deaths worldwide. The standardized 5-year net survival of a woman with EOC is 44% for cases diagnosed between 2005-2010. This is because 2 out of 3 cancers are found at an advanced stage with invasion beyond the ovaries to the entire peritoneum or distant metastasis. Treatment of EOC is currently based on platinum-based chemotherapy combined with paclitaxel and maximal cytoreduction surgery. Newer combination therapies may be introduced such as bevacizumab and oral poly ADP-ribose polymerase (PARP) inhibitors. Despite the combination of different therapeutic modes, the 5-year survival has not progressed much since the 1980s. The development of new and more effective therapies is essential but requires a better understanding of cancer heterogeneity and the identification of new therapeutic targets. Cancer heterogeneity results from genetic and transcriptional variations between tumors but also between cells of the same tumor. This heterogeneity has an impact on the development of the tumor and its resistance to treatment. One of the methods to study this heterogeneity is single cell RNA sequencing (scRNAseq) which allows to analyze individually and simultaneously the gene expression (transcriptomics) of thousands of cells. Studies on EOC using this technique have already been performed but they were based on small numbers with very different tumor types and stages. The objective of this protocol is to characterize by scRNA-seq the architecture and microenvironment of primary and secondary tumors of 50 patients with EOC at the single cell level and to correlate the data with the clinical characteristics of the patients, especially during recurrence and/or chemoresistance, in order to identify the molecular parameters allowing tumor cells to acquire survival, invasion, metastasis and chemoresistance capacity as well as to carry out the inventory of cell populations within the different sites of EOC. We will also analyze the interaction between tumor cells and the microenvironment, by studying on the one hand the involvement of immune cells in the antitumor response and on the other hand how tumor cells modulate the microenvironment to make it permissive to the development of the EOC. We will compare the data obtained for each patient with healthy tissue (from the same patient) in order to determine the common and specific tumor molecular signatures in EOC, the latter point allowing us to evaluate the intra and inter-patient variability. Similarly, the comparison of the transcriptomic profile of the same tumor subtype in several patients will allow us to determine if certain transcriptional perturbations are ubiquitous. The identification of these common pathways would allow the discovery of potential therapeutic targets. Furthermore, the molecular processes leading to chemoresistance are still unknown. We will investigate whether known chemoresistance markers are present in tumor cells from primary sites and whether their presence correlates with the response to treatment in patients. We will also study the molecular mechanisms of resistance to treatment in our patients which will ultimately allow the development of new therapies. We will also try to find new prognostic markers which is made possible by the clinical follow-up of the patients. The existence of this heterogeneity will be confirmed by complementary genetic analyses of the genome and exome (search for mutations, variation in gene copy number or chromosome copy number, epigenetic effects) by different molecular biology techniques (qPCR, NGS sequencing) and the markers that will be identified can be confirmed by histochemical analysis.

En 2020, le cancer épithélial de l'ovaire (CEO) représente 313 959 nouveaux cas et 207 252 décès dans le monde. La survie nette standardisée à 5 ans d'une femme atteinte d'un CEO est de 44 % pour les cas diagnostiqués entre 2005 et 2010. Cela s'explique par le fait que 2 cancers sur 3 sont découverts à un stade avancé, avec une extension au-delà des ovaires à l'ensemble du péritoine ou des métastases à distance. Le traitement du CEO repose actuellement sur une chimiothérapie à base de platine associée au paclitaxel et sur une chirurgie de cytoréduction maximale. De nouvelles associations thérapeutiques peuvent être introduites, telles que le bévacizumab et les inhibiteurs oraux de la poly(ADP-ribose) polymérase (PARP). Malgré l'association de différentes modalités thérapeutiques, la survie à 5 ans n'a que peu progressé depuis les années 1980. Le développement de traitements nouveaux et plus efficaces est essentiel, mais nécessite une meilleure compréhension de l'hétérogénéité tumorale et l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques. L'hétérogénéité tumorale résulte de variations génétiques et transcriptionnelles entre tumeurs, mais aussi entre les cellules d'une même tumeur. Cette hétérogénéité a un impact sur le développement de la tumeur et sa résistance au traitement. L'une des méthodes permettant d'étudier cette hétérogénéité est le séquençage d'ARN en cellule unique (scRNAseq), qui permet d'analyser individuellement et simultanément l'expression génique (transcriptomique) de milliers de cellules. Des études sur le CEO utilisant cette technique ont déjà été réalisées, mais elles portaient sur de faibles effectifs, avec des types et des stades tumoraux très différents. L'objectif de ce protocole est de caractériser par scRNA-seq l'architecture et le microenvironnement des tumeurs primaires et secondaires de 50 patientes atteintes d'un CEO à l'échelle de la cellule unique, et de corréler ces données avec les caractéristiques cliniques des patientes, notamment lors de la récidive et/ou de la chimiorésistance, afin d'identifier les paramètres moléculaires permettant aux cellules tumorales d'acquérir des capacités de survie, d'invasion, de dissémination métastatique et de chimiorésistance, ainsi que de dresser l'inventaire des populations cellulaires au sein des différents sites du CEO. Nous analyserons également l'interaction entre les cellules tumorales et le microenvironnement, en étudiant d'une part l'implication des cellules immunitaires dans la réponse antitumorale, et d'autre part la façon dont les cellules tumorales modulent le microenvironnement pour le rendre permissif au développement du CEO. Nous comparerons les données obtenues pour chaque patiente avec un tissu sain (provenant de la même patiente) afin de déterminer les signatures moléculaires tumorales communes et spécifiques dans le CEO, ce dernier point permettant d'évaluer la variabilité intra- et inter-patiente. De même, la comparaison du profil transcriptomique d'un même sous-type tumoral chez plusieurs patientes permettra de déterminer si certaines perturbations transcriptionnelles sont ubiquitaires. L'identification de ces voies communes permettrait de découvrir de potentielles cibles thérapeutiques. Par ailleurs, les processus moléculaires conduisant à la chimiorésistance restent inconnus. Nous étudierons la présence, dans les cellules tumorales des sites primaires, de marqueurs de chimiorésistance connus, et si leur présence est corrélée à la réponse au traitement chez les patientes. Nous étudierons également les mécanismes moléculaires de résistance au traitement chez nos patientes, ce qui permettra à terme le développement de nouvelles thérapies. Nous chercherons également à identifier de nouveaux marqueurs pronostiques, ce que permet le suivi clinique des patientes.

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