Nutrition, microbiote intestinal et santé : collecte d'échantillons de selles chez les participants de NutriNet-Santé

Le microbiote intestinal suscite actuellement un intérêt croissant de la part de la communauté scientifique, mais aussi du grand public, à mesure que son rôle dans la physiologie humaine est mis en évidence. Des signatures microbiennes ont également été associées à diverses pathologies (par exemple, obésité, diabète, troubles gastro-intestinaux, maladies neurodégénératives), mais la causalité de ces associations reste incertaine. Parmi les facteurs susceptibles d'influencer la composition du microbiote intestinal (par exemple, mode de vie, hygiène, médicaments, génétique, environnement), la nutrition jouerait un rôle majeur.

Les changements importants du mode de vie et de l'alimentation observés au cours des dernières décennies sont fortement suspectés de perturber l'équilibre entre l'hôte et le microbiote intestinal.

Outre leur teneur en nutriments, nos alimentations contiennent également d'autres composés bioactifs (par exemple, les polyphénols) et soulèvent de nouvelles questions (par exemple, la structure temporelle des prises alimentaires, la transformation des aliments, la présence d'additifs ou de contaminants tels que des résidus de pesticides, la prise de compléments alimentaires, les exclusions alimentaires, l'index glycémique) qu'il est nécessaire de prendre en compte.

Ainsi, il est indispensable d'explorer et de caractériser de façon plus précise, au sein de larges échantillons composés d'individus aux caractéristiques variées, la manière dont la composition du microbiote intestinal est influencée par l'alimentation de l'hôte et ses conséquences sur la santé. L'objectif de cette recherche est donc d'étudier les liens entre nutrition, profils du microbiote intestinal et santé. Pour cela, la recherche mettra en œuvre une collecte à grande échelle d'échantillons de selles auprès des participants de la cohorte NutriNet-Santé (« Nutrinautes »), constituant ainsi une sous-cohorte « microbiote ».

Un objectif de N=10 000 participants de la cohorte NutriNet-Santé sera recruté sur la base du volontariat. Une sélection sera ensuite effectuée parmi les Nutrinautes souhaitant participer à la recherche (qui pourraient être plus nombreux que nécessaire) afin de maximiser la diversité des profils. Les participants seront informés de leur sélection ou non-sélection par e-mail. Un second échantillon de selles sera également collecté 2 à 3 mois après le premier pour un sous-échantillon de N=300 afin d'évaluer la variabilité intra-individuelle des profils du microbiote. Les participants sélectionnés recevront par courrier, à leur domicile, un kit d'auto-prélèvement de selles accompagné d'instructions détaillées. Les échantillons pseudonymisés seront renvoyés par courrier par le participant au laboratoire de traitement, qui déterminera les caractéristiques de leur microbiote intestinal par séquençage de l'ADNr 16S et/ou par séquençage « shotgun ». Les profils du microbiote intestinal seront ensuite analysés de façon pseudonymisée en lien avec l'alimentation et la santé, à l'aide des données recueillies dans le cadre du suivi de la cohorte NutriNet-Santé (par exemple, consommation alimentaire, prévalence et incidence de pathologies, données biologiques, caractéristiques anthropométriques, prise de médicaments, caractéristiques sociodémographiques, mode de vie).