Étude de la dynamique écologique et évolutive d'Escherichia coli dans la flore digestive commensale
Étude de la dynamique écologique et évolutive d'Escherichia coli dans la flore digestive commensale
Promoteur : Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
Titre et résumé traduits de l’anglais par le portail, à partir de la fiche publiée par le registre source, le 19 septembre 2026. Traduction automatique, sans relecture médicale : elle ne modifie ni n’interprète le contenu ; en cas de doute, le texte original fait foi.
Texte original (anglais)
Study of the Ecological and Evolutionary Dynamics of Escherichia Coli in the Digestive Commensal Flora
Study of the Ecological and Evolutionary Dynamics of Escherichia Coli in the Digestive Commensal Flora
Escherichia coli (E. coli) poses a major public health problem. E. coli is not only a commensal of the digestive tract but also a major opportunistic pathogen, first cause of urinary tract infections, first cause of bacteremia. However, little is known about the dynamics of intestinal colonization of the human host. Understanding the dynamics of colonization is crucial because selection for the major traits of E. coli is antibiotic resistance and virulence (the propensity to cause infection) works in commensalism, in the gut, not in infections. This study will make possible for the first time to study the colonization dynamics of E. coli in a large healthy host population. The main objective is to quantify the succession (gain, loss or replacement) of E. coli strains in the gut microbiota in healthy volunteers and how it depends on the properties of the host and the bacteria. This study will thus provide a better understanding of the E. Coli's epidemiological dynamics and the development of certain traits such as antibiotic resistance. To reach this goal, the study will take place in two successive phases : A first pilot phase will first be conducted with 50 healthy volunteers. During this pilot phase, a stool sample will be taken. The strains isolated during this pilot phase will be sequenced, making possible to characterize the strains present and the strains' possible changes between two stool samples. Succession rates will be estimated. The optimal sampling rate that maximizes accuracy in estimating succession rates will be identified and retained for the second phase. A second phase, a prospective cohort study will also be conducted in 200 healthy volunteers. During this second phase, healthy volunteers who participated in the first phase will be able to continue their participation and new volunteers will be selected. The healthy volunteers included in the prospective cohort study will be followed up with visits and stool samples which will be defined according to the results of the pilot phase.
Escherichia coli (E. coli) pose un problème majeur de santé publique. E. coli n'est pas seulement un commensal du tube digestif, mais aussi un pathogène opportuniste majeur, première cause d'infections urinaires et première cause de bactériémies. Cependant, la dynamique de colonisation intestinale de l'hôte humain reste mal connue. Comprendre la dynamique de colonisation est essentiel, car la sélection des principaux caractères d'E. coli que sont la résistance aux antibiotiques et la virulence (la propension à provoquer une infection) s'exerce dans le cadre du commensalisme, au niveau intestinal, et non lors des infections. Cette étude permettra pour la première fois d'étudier la dynamique de colonisation d'E. coli dans une large population d'hôtes sains. L'objectif principal est de quantifier la succession (gain, perte ou remplacement) des souches d'E. coli dans le microbiote intestinal chez des volontaires sains et de déterminer dans quelle mesure elle dépend des caractéristiques de l'hôte et de la bactérie. Cette étude permettra ainsi de mieux comprendre la dynamique épidémiologique d'E. coli et le développement de certains caractères tels que la résistance aux antibiotiques. Pour atteindre cet objectif, l'étude se déroulera en deux phases successives : une première phase pilote sera d'abord menée auprès de 50 volontaires sains. Au cours de cette phase pilote, un échantillon de selles sera prélevé. Les souches isolées durant cette phase pilote seront séquencées, ce qui permettra de caractériser les souches présentes ainsi que leurs éventuels changements entre deux prélèvements de selles. Les taux de succession seront estimés. Le rythme d'échantillonnage optimal, maximisant la précision de l'estimation des taux de succession, sera identifié et retenu pour la seconde phase. Une seconde phase, une étude de cohorte prospective, sera également menée auprès de 200 volontaires sains. Au cours de cette seconde phase, les volontaires sains ayant participé à la première phase pourront poursuivre leur participation, et de nouveaux volontaires seront sélectionnés. Les volontaires sains inclus dans l'étude de cohorte prospective seront suivis au moyen de visites et de prélèvements de selles, dont la fréquence sera définie en fonction des résultats de la phase pilote.
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