Diversité génomique et phénotypique des souches d'Escherichia coli productrices de carbapénémases circulant dans le sud de la France
Diversité génomique et phénotypique des souches d'Escherichia coli productrices de carbapénémases circulant dans le sud de la France. L'étude « CARBA-COLI »
Promoteur : Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes
Titre et résumé traduits de l’anglais par le portail, à partir de la fiche publiée par le registre source, le 19 septembre 2026. Traduction automatique, sans relecture médicale : elle ne modifie ni n’interprète le contenu ; en cas de doute, le texte original fait foi.
Texte original (anglais)
Genomic and Phenotypic Diversity of Carbapenemase-producing Escherichia Coli Strains Circulating in Southern France
Genomic and Phenotypic Diversity of Carbapenemase-producing Escherichia Coli Strains Circulating in Southern France. The "CARBA-COLI" Study
Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) are classified as emerging Highly Resistant Bacteria (eHRB) because they expose infected patients to the risk of treatment failure due to the strains' resistance to last-line β-lactams, carbapenems, and frequent co-resistance to other classes of antibiotics, leading to increased morbidity and mortality. Their high epidemiogenic potential has enabled their global spread. In France, the incidence of Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae is rising sharply, both in colonization and in infections. Parallel to this increase, Escherichia coli has become the most common Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (35% of strains in 2024, National Research Committee data), surpassing Klebsiella pneumoniae (24%). The investigators hypothesize that the increase in the prevalence of carbapenemase-producing Echerichia coli is associated with a diversification of clones, enzymes, and their variants, and may pose a threefold threat: i) the spread of genes encoding carbapenemases within pathogenic extraintestinal Echerichia coli (ExPEC) pathogroups responsible for urinary tract infections and bacteremias, with a high risk of resistance spreading in the community, ii) the silent spread of Echerichia coli strains producing OXA-48 variants with reduced carbapenem hydrolytic activity, OXA-244 and OXA-484, which are not detected or poorly detected by conventionally used screening media and iii) the emergence of New Dehli Metallo-beta-lactamase (NDM) variants with high hydrolytic activity, such as NDM-5, within Echerichia coli clones possessing Penicillin-Binding Proteins (PLPs) with low affinity for antibiotics, leading to very high-level resistance and a therapeutic dead end in infected patients.
Les entérobactéries productrices de carbapénémases (EPC) sont classées parmi les bactéries hautement résistantes émergentes (BHRe) car elles exposent les patients infectés à un risque d'échec thérapeutique en raison de la résistance des souches aux bêta-lactamines de dernier recours, les carbapénèmes, et d'une co-résistance fréquente à d'autres classes d'antibiotiques, entraînant une morbidité et une mortalité accrues. Leur fort potentiel épidémiogène a permis leur diffusion mondiale. En France, l'incidence des entérobactéries productrices de carbapénémases augmente fortement, tant en colonisation qu'en infection. Parallèlement à cette augmentation, Escherichia coli est devenue l'entérobactérie productrice de carbapénémases la plus fréquente (35 % des souches en 2024, données du Comité national de recherche), devançant Klebsiella pneumoniae (24 %). Les investigateurs formulent l'hypothèse que l'augmentation de la prévalence des Escherichia coli productrices de carbapénémases est associée à une diversification des clones, des enzymes et de leurs variants, et pourrait constituer une triple menace : i) la diffusion des gènes codant les carbapénémases au sein des pathovars d'Escherichia coli extra-intestinaux pathogènes (ExPEC) responsables d'infections urinaires et de bactériémies, avec un risque élevé de diffusion de la résistance en milieu communautaire, ii) la diffusion silencieuse de souches d'Escherichia coli productrices de variants d'OXA-48 à activité hydrolytique réduite envers les carbapénèmes, OXA-244 et OXA-484, qui ne sont pas détectées ou mal détectées par les milieux de dépistage classiquement utilisés, et iii) l'émergence de variants de la New Delhi métallo-bêta-lactamase (NDM) à forte activité hydrolytique, tels que NDM-5, au sein de clones d'Escherichia coli possédant des protéines liant la pénicilline (PLP) à faible affinité pour les antibiotiques, entraînant une résistance de très haut niveau et une impasse thérapeutique chez les patients infectés.
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