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Intégration d'analyses multi-omiques de nouvelle génération pour le diagnostic des troubles neurodéveloppementaux génétiques
Les troubles neurodéveloppementaux (TND), incluant la déficience intellectuelle (DI), représentent l'indication la plus fréquente de tests génétiques. Touchant jusqu'à 3 % de la population générale, les TND se caractérisent par une hétérogénéité clinique et génétique importante. Bien que le séquençage du génome en lectures courtes (srGS) ait permis des avancées majeures grâce au Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG2025), une proportion substantielle de patients demeure sans diagnostic moléculaire. Ces résultats s'expliquent en partie par les limites du séquençage du génome en lectures courtes (srGS). Bien qu'efficace dans de nombreux cas, cette technologie est peu performante pour détecter les réarrangements structuraux complexes, les anomalies dans les régions répétitives ou riches en GC, les variations épigénétiques et certains variants introniques. De plus, le srGS ne permet pas d'évaluer directement l'impact fonctionnel des variations génétiques sur l'épissage ou l'expression des gènes. À la suite d'un résultat de srGS négatif, la réanalyse périodique des données de séquençage par les laboratoires du PFMG2025 (AURAGEN et SeqOIA) constitue la seule option diagnostique actuellement disponible en pratique courante. Toutefois, ces réanalyses sont limitées par des contraintes financières et de personnel ainsi que par des critères d'éligibilité stricts, rendant difficile l'obtention d'un diagnostic pour de nombreux patients, en particulier ceux présentant des troubles neurodéveloppementaux (TND) stables. De plus, elles consistent souvent en une simple relecture des données sans mise à jour bio-informatique, et les délais - dépassant fréquemment un an - contribuent à l'errance diagnostique. L'utilisation de pipelines actualisés, adaptés aux caractéristiques spécifiques des TND, pour le réexamen des données de srGS pourrait constituer une première source de nouveaux diagnostics. Des technologies complémentaires - telles que le séquençage de l'ARN messager (ARNm-seq), la cartographie optique du génome (OGM) et le séquençage du génome en lectures longues (lrGS) - sont disponibles et offrent des solutions pour pallier les limites du séquençage du génome en lectures courtes (srGS). Elles permettent notamment l'identification de variants structuraux complexes et l'évaluation de l'impact fonctionnel des variants ponctuels. Malgré leur potentiel, leur utilisation en routine reste limitée en raison de leur coût et de leur complexité technique. Notre étude propose une stratégie combinée visant à pallier les limites des approches actuelles et à améliorer le diagnostic des troubles neurodéveloppementaux (TND) restant non résolus après séquençage du génome en lectures courtes (srGS). Elle débute par une réanalyse des données de séquençage à l'aide de pipelines bio-informatiques personnalisés, adaptés au profil clinique spécifique de chaque patient. En cas de résultats non concluants, des analyses multi-omiques innovantes (ARNm-seq, OGM et séquençage du génome en lectures longues/lrGS) seront employées pour explorer les variants génétiques complexes. Les approches multi-omiques n'étant actuellement pas intégrées au cadre du PFMG2025, les résultats du projet seront déterminants pour démontrer leur valeur ajoutée dans le diagnostic des TND et pourraient ouvrir la voie à leur inclusion dans un futur PFMG. En anticipant ces développements, NextOmix contribuera à définir les stratégies diagnostiques de demain, en phase avec les avancées technologiques et les besoins des patients.
Non précisée · Réf. NCT07755098
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