Nouvel outil diagnostique (MinION) pour l'identification des micro-organismes dans les plaies du pied chez les patients atteints d'ostéite du pied diabétique
Évaluation d'un nouvel outil diagnostique (MinION) pour l'identification des micro-organismes dans les plaies du pied chez les patients atteints d'ostéite du pied diabétique (DFOM)
Promoteur : Centre Hospitalier Universitaire de Nīmes
Titre et résumé traduits de l’anglais par le portail, à partir de la fiche publiée par le registre source, le 18 septembre 2026. Traduction automatique, sans relecture médicale : elle ne modifie ni n’interprète le contenu ; en cas de doute, le texte original fait foi.
Texte original (anglais)
New Diagnostic Tool (MinION) for Identifying Microorganisms in Foot Wounds of Patients Living With Diabetic Foot Osteomyelitis
Evaluation of a New Diagnostic Tool (MinION) for Identifying Microorganisms in the Foot Wounds of Patients Living With Diabetic Foot Osteomyelitis (DFOM)
Diabetic foot wound infections are predominantly polymicrobial. However, 'conventional' microbiological culture does not identify all the bacteria potentially involved in these infections and requires time, which can have a negative impact by delaying treatment and/or the prescription of appropriate antibiotic therapy. Real-time metagenomics analysis using Oxford Nanopore Technologies' MinION technology has demonstrated sufficient power to identify virtually all microbial genomes in a given sample, providing additional information on their antibiotic resistance profile and in silico prediction of genes encoding virulence factors within than 4 hours. Based on these rapid results, a management protocol could be defined specifically for each patient with a view to personalised medicine. The aim is to study the diversity of bacterial and fungal species identified using the MinION method and compare this diversity with the results obtained using conventional methods (routine culture) from bone biopsies taken from DFOM patients.
Les infections des plaies du pied diabétique sont majoritairement polymicrobiennes. Cependant, la culture microbiologique « conventionnelle » ne permet pas d'identifier toutes les bactéries potentiellement impliquées dans ces infections et nécessite du temps, ce qui peut avoir un impact négatif en retardant le traitement et/ou la prescription d'une antibiothérapie adaptée. L'analyse métagénomique en temps réel utilisant la technologie MinION d'Oxford Nanopore Technologies a démontré une capacité suffisante pour identifier la quasi-totalité des génomes microbiens présents dans un échantillon donné, en fournissant des informations complémentaires sur leur profil de résistance aux antibiotiques et une prédiction in silico des gènes codant pour des facteurs de virulence en moins de 4 heures. Sur la base de ces résultats rapides, un protocole de prise en charge pourrait être défini spécifiquement pour chaque patient, dans une perspective de médecine personnalisée. L'objectif est d'étudier la diversité des espèces bactériennes et fongiques identifiées par la méthode MinION et de comparer cette diversité aux résultats obtenus par les méthodes conventionnelles (culture de routine) à partir de biopsies osseuses prélevées chez des patients atteints de DFOM.
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