Infection à Clostridioides difficile : analyse de l'évolution clinique et de la clairance bactérienne

Clostridioides difficile (anciennement Clostridium) est une bactérie présente sous forme de spores (forme de résistance) dans l'environnement, auxquelles les patients peuvent être exposés. Cette bactérie appartenait auparavant au genre Clostridium, mais l'analyse de son ARN ribosomique 16S en 2016 a conduit à l'en distinguer. Une fois la spore ingérée, elle peut germer sous forme végétative (la forme active de la bactérie), prenant l'aspect d'un bacille à Gram positif qui va coloniser le microbiote digestif.

Cette étape préliminaire de colonisation digestive par la bactérie est facilitée par certains facteurs, notamment le sondage nasogastrique, les antiacides, etc. Les antibiotiques, quant à eux, perturbent les bactéries du microbiote digestif (dysbiose), facilitant ainsi l'implantation de C. difficile.

Certaines souches (dites toxinogènes) produisent les principaux facteurs de virulence : les toxines A (TcdA) et B (TcdB) ± une troisième toxine (toxine binaire ou CDT), et provoquent ainsi les principaux signes cliniques d'infection digestive, en particulier chez les patients présentant des facteurs de risque d'infection à C. difficile (cancer évolutif, immunodépression, etc.).

L'infection à Clostridioides difficile (ICD) se caractérise par des présentations cliniques variables, allant d'une simple diarrhée hydrique sans colite, qui régresse souvent spontanément, à des formes sévères avec des complications telles que la colite pseudomembraneuse, la perforation intestinale ou le choc septique, dont le pronostic est très défavorable.

La prise en charge de ce type d'ICD repose principalement sur l'administration orale d'antibiotiques anti-Clostridium difficile tels que la fidaxomicine (FDX) ou la vancomycine (VAN) pendant 10 jours, comme le recommandent les directives européennes de l'ESCMID, britanniques et américaines de l'IDSA. Le métronidazole par voie orale n'est recommandé qu'en l'absence de disponibilité des deux premières molécules (usage en ville). Malgré ce traitement, l'une des principales caractéristiques de l'ICD est un taux de récidive élevé, pouvant atteindre 25 % des cas. Avec la FDX, les taux de récidive semblent plus faibles, d'autant plus que son schéma d'administration est optimisé. Néanmoins, son coût élevé constitue un frein à son utilisation plus large. Compte tenu du coût élevé pour la collectivité du traitement des récidives, et de la qualité de vie réduite des patients souffrant de ces récidives, parfois multiples et très invalidantes, réduire la survenue des récidives constitue un enjeu majeur. Une meilleure compréhension des facteurs conduisant à la récidive est donc un préalable à l'optimisation des stratégies de prévention et de traitement de l'ICD. L'étude de l'immunité muqueuse colique (visant à quantifier les IgA dans les selles) pourrait également contribuer à une meilleure compréhension de l'évolution des patients. L'ensemble de ces enjeux liés à l'ICD et à sa prise en charge justifie la mise en place d'une cohorte prospective de suivi longitudinal des patients infectés, permettant d'étudier la clairance digestive de la bactérie en fonction de divers facteurs, notamment le microbiote digestif et la réponse immunitaire muqueuse.