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Caractérisation de la réponse IFN-I chez des sujets ayant présenté des formes sévères ou légères de COVID-19

Titre et résumé traduits de l’anglais par le portail, à partir de la fiche publiée par le registre source, le 14 septembre 2026. Traduction automatique, sans relecture médicale : elle ne modifie ni n’interprète le contenu ; en cas de doute, le texte original fait foi.

Texte original (anglais)

Characterization of the IFN-I Response in Subjects Who Experienced Severe or Mild Forms of COVID-19

Type I interferon (IFN-I) production is triggered by the detection of viral molecules, such as strands of viral RNA or DNA, by receptors known as PRRs (Pattern Recognition Receptors) present on many cell types. These interferons are secreted in minimal concentrations but can activate neighboring cells to secrete over 700 proteins with antiviral properties (inhibition of viral replication, destabilization of viral membranes, etc.). Thus, the IFN-I response serves as the immune system's first line of defense during a viral infection. Very early in the COVID-19 pandemic, several research teams, including ours, identified a defect in the type I interferon response in about one in five subjects with severe COVID-19. In-depth studies have shown that 5 to 20% of these patients with severe COVID-19 disease have genetic mutations affecting genes involved in the activation cascade of the IFN-I pathway or produce autoantibodies that neutralize IFN-I, significantly impairing the effectiveness of their IFN-I response. However, to date, not all causes of IFN-I response alteration are clearly identified, and 80% of patients suffering from severe COVID-19 do not appear to have evident genetic predispositions or anti-IFN-I autoantibodies, with the techniques currently available. This suggests the presence of other risk factors or causes that could potentially lead to alterations in the IFN-I response. The gut microbiota is recognized for its influence on host health and immunity. SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2) infection has been associated with altered gut microbiota and correlated with inflammatory and immune responses. However, the association between dysbiosis and IFN-I response has yet to be studied in humans. Therefore, to improve the management of individuals affected by viral respiratory infections, it seems essential to explore alterations in the IFN-I response to identify individuals potentially at risk of developing severe forms. It is known that a failure in the IFN-I response in the early stages of a viral infection leads to uncontrolled viral replication, which may result in a severe form of the disease. Since this IFN-I response is essential for controlling all viral infections, regardless of the virus involved, the investigators hypothesize that this IFN-I deficiency could be responsible for severe infections from various respiratory viruses that may lead to severe forms, even though a direct association between IFN-I deficiency and higher mortality risk has only been reported for a few viruses, such as SARS-CoV-2 and influenza. Furthermore, the investigators consider the possibility of other underlying causes of IFN-I deficiencies, distinct from the already observed anti-IFN-I autoantibodies and genetic mutations. To achieve this, the investigators hypothesize that the use of functional immune tests could reveal these other alterations. By identifying these alterations in individuals, the investigators hope to more accurately predict their propensity to develop severe forms of viral infections. Patients who experienced : * mild forms of COVID-19 during the first wave, without any prior vaccination, selected from the pre-existing COVID-Ser cohort (ClinicalTrial no. NCT04341142) * severe forms of COVID-19 during the first wave, without any prior vaccination, selected from the pre-existing NOSO-COR IMMUNO cohort (ClinicalTrial no. NCT04637867) and the RNIPH study (Research Not Involving Human Persons) named MIR-COVID (compliance with MR004 n°20\_097\_v2) could be recruited. Biological samples will be collected specifically for the study, outside of a healthcare procedure. No biological sample in biocollections coming from COVID-ser and NOSO-COR IMMUNO studies and the RNIPH study (Research Not Involving Human Persons) named MIR-COVID will be used for this new protocol.

La production d'interféron de type I (IFN-I) est déclenchée par la détection de molécules virales, telles que des brins d'ARN ou d'ADN viral, par des récepteurs appelés PRR (Pattern Recognition Receptors) présents sur de nombreux types cellulaires. Ces interférons sont sécrétés à des concentrations minimes mais peuvent activer les cellules voisines pour qu'elles sécrètent plus de 700 protéines aux propriétés antivirales (inhibition de la réplication virale, déstabilisation des membranes virales, etc.). Ainsi, la réponse IFN-I constitue la première ligne de défense du système immunitaire lors d'une infection virale. Très tôt dans la pandémie de COVID-19, plusieurs équipes de recherche, dont la nôtre, ont identifié un défaut de la réponse interféron de type I chez environ un sujet sur cinq atteint de COVID-19 sévère. Des études approfondies ont montré que 5 à 20 % de ces patients atteints de COVID-19 sévère présentent des mutations génétiques affectant des gènes impliqués dans la cascade d'activation de la voie IFN-I ou produisent des autoanticorps neutralisant l'IFN-I, altérant significativement l'efficacité de leur réponse IFN-I. Cependant, à ce jour, toutes les causes d'altération de la réponse IFN-I ne sont pas clairement identifiées, et 80 % des patients souffrant de COVID-19 sévère ne semblent pas présenter de prédispositions génétiques évidentes ni d'autoanticorps anti-IFN-I, avec les techniques actuellement disponibles. Cela suggère l'existence d'autres facteurs de risque ou causes susceptibles d'entraîner des altérations de la réponse IFN-I. Le microbiote intestinal est reconnu pour son influence sur la santé et l'immunité de l'hôte. L'infection par le SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2) a été associée à une altération du microbiote intestinal et corrélée aux réponses inflammatoires et immunitaires. Cependant, l'association entre la dysbiose et la réponse IFN-I n'a pas encore été étudiée chez l'homme. Par conséquent, afin d'améliorer la prise en charge des personnes touchées par des infections respiratoires virales, il apparaît essentiel d'explorer les altérations de la réponse IFN-I afin d'identifier les individus potentiellement à risque de développer des formes sévères. Il est établi qu'une défaillance de la réponse IFN-I aux stades précoces d'une infection virale entraîne une réplication virale incontrôlée, pouvant conduire à une forme sévère de la maladie. Cette réponse IFN-I étant essentielle au contrôle de toutes les infections virales, quel que soit le virus en cause, les investigateurs émettent l'hypothèse que ce déficit en IFN-I pourrait être responsable d'infections sévères par divers virus respiratoires pouvant conduire à des formes graves, même si une association directe entre déficit en IFN-I et risque accru de mortalité n'a été rapportée que pour quelques virus, tels que le SARS-CoV-2 et la grippe. Par ailleurs, les investigateurs envisagent la possibilité d'autres causes sous-jacentes de déficits en IFN-I, distinctes des autoanticorps anti-IFN-I et des mutations génétiques déjà observés. Pour cela, les investigateurs font l'hypothèse que l'utilisation de tests immunitaires fonctionnels pourrait révéler ces autres altérations. En identifiant ces altérations chez les individus, les investigateurs espèrent prédire plus précisément leur propension à développer des formes sévères d'infections virales. Pourront être recrutés des patients ayant présenté : * des formes légères de COVID-19 lors de la première vague, sans vaccination préalable, sélectionnés au sein de la cohorte préexistante COVID-Ser (ClinicalTrial n° NCT04341142) * des formes sévères de COVID-19 lors de la première vague, sans vaccination préalable, sélectionnés au sein de la cohorte préexistante NOSO-COR IMMUNO (ClinicalTrial n° NCT04637867) et de l'étude RIPH (Recherche n'Impliquant pas la Personne Humaine) nommée MIR-COVID (conformité à la MR004 n°20_097_v2).

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