Caractérisation de la réponse IFN-I chez des sujets ayant présenté des formes sévères ou légères de COVID-19

La production d'interféron de type I (IFN-I) est déclenchée par la détection de molécules virales, telles que des brins d'ARN ou d'ADN viral, par des récepteurs appelés PRR (Pattern Recognition Receptors) présents sur de nombreux types cellulaires. Ces interférons sont sécrétés à des concentrations minimes mais peuvent activer les cellules voisines pour qu'elles sécrètent plus de 700 protéines aux propriétés antivirales (inhibition de la réplication virale, déstabilisation des membranes virales, etc.). Ainsi, la réponse IFN-I constitue la première ligne de défense du système immunitaire lors d'une infection virale.

Très tôt dans la pandémie de COVID-19, plusieurs équipes de recherche, dont la nôtre, ont identifié un défaut de la réponse interféron de type I chez environ un sujet sur cinq atteint de COVID-19 sévère. Des études approfondies ont montré que 5 à 20 % de ces patients atteints de COVID-19 sévère présentent des mutations génétiques affectant des gènes impliqués dans la cascade d'activation de la voie IFN-I ou produisent des autoanticorps neutralisant l'IFN-I, altérant significativement l'efficacité de leur réponse IFN-I.

Cependant, à ce jour, toutes les causes d'altération de la réponse IFN-I ne sont pas clairement identifiées, et 80 % des patients souffrant de COVID-19 sévère ne semblent pas présenter de prédispositions génétiques évidentes ni d'autoanticorps anti-IFN-I, avec les techniques actuellement disponibles. Cela suggère l'existence d'autres facteurs de risque ou causes susceptibles d'entraîner des altérations de la réponse IFN-I. Le microbiote intestinal est reconnu pour son influence sur la santé et l'immunité de l'hôte. L'infection par le SARS-CoV-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2) a été associée à une altération du microbiote intestinal et corrélée aux réponses inflammatoires et immunitaires.

Cependant, l'association entre la dysbiose et la réponse IFN-I n'a pas encore été étudiée chez l'homme. Par conséquent, afin d'améliorer la prise en charge des personnes touchées par des infections respiratoires virales, il apparaît essentiel d'explorer les altérations de la réponse IFN-I afin d'identifier les individus potentiellement à risque de développer des formes sévères. Il est établi qu'une défaillance de la réponse IFN-I aux stades précoces d'une infection virale entraîne une réplication virale incontrôlée, pouvant conduire à une forme sévère de la maladie.

Cette réponse IFN-I étant essentielle au contrôle de toutes les infections virales, quel que soit le virus en cause, les investigateurs émettent l'hypothèse que ce déficit en IFN-I pourrait être responsable d'infections sévères par divers virus respiratoires pouvant conduire à des formes graves, même si une association directe entre déficit en IFN-I et risque accru de mortalité n'a été rapportée que pour quelques virus, tels que le SARS-CoV-2 et la grippe. Par ailleurs, les investigateurs envisagent la possibilité d'autres causes sous-jacentes de déficits en IFN-I, distinctes des autoanticorps anti-IFN-I et des mutations génétiques déjà observés. Pour cela, les investigateurs font l'hypothèse que l'utilisation de tests immunitaires fonctionnels pourrait révéler ces autres altérations. En identifiant ces altérations chez les individus, les investigateurs espèrent prédire plus précisément leur propension à développer des formes sévères d'infections virales. Pourront être recrutés des patients ayant présenté : * des formes légères de COVID-19 lors de la première vague, sans vaccination préalable, sélectionnés au sein de la cohorte préexistante COVID-Ser (ClinicalTrial n° NCT04341142) * des formes sévères de COVID-19 lors de la première vague, sans vaccination préalable, sélectionnés au sein de la cohorte préexistante NOSO-COR IMMUNO (ClinicalTrial n° NCT04637867) et de l'étude RIPH (Recherche n'Impliquant pas la Personne Humaine) nommée MIR-COVID (conformité à la MR004 n°20_097_v2).