Apport du mapping génomique optique (OGM) dans le diagnostic des malformations congénitales multiples avec ou sans déficience intellectuelle sans anomalie génétique
CARTOGEN-N_Apport du mapping génomique optique (OGM) dans le diagnostic des malformations congénitales multiples avec ou sans déficience intellectuelle sans anomalie génétique détectée par séquençage du génome entier
Promoteur : Céline PEBREL-RICHARD
Titre et résumé traduits de l’anglais par le portail, à partir de la fiche publiée par le registre source, le 18 septembre 2026. Traduction automatique, sans relecture médicale : elle ne modifie ni n’interprète le contenu ; en cas de doute, le texte original fait foi.
Texte original (anglais)
Contribution of Optical Genome Mapping (OGM) in the Diagnosis of Multiple Congenital Malformations With or Without Intellectual Disability Without Genetic Abnormality
CARTOGEN-N_Contribution of Optical Genome Mapping (OGM) in the Diagnosis of Multiple Congenital Malformations With or Without Intellectual Disability Without Genetic Abnormality Detected by Whole Genome Sequencing
Congenital malformations result from an embryonic or foetal developmental disorder (DD) affecting one or more systems (cardiac, skeletal, nervous, etc.). These are referred to as multiple congenital anomalies (MCAs). They may be associated with an intellectual disability (ID)1. Chromosomal analysis on Chromosomal Microarray Analysis (CMA) and gene panels or exome sequencing are the respective gold standard methods for chromosomal and molecular diagnosis of DD respectively2. In cases where no diagnosis is established after these first-line tests, short-read whole genome sequencing (WGS), via the Plan France Medicine Genomic 2020-2025 (AURAGEN), may be considered. This approach allows for diagnosis in nearly 40% of patients with DD3,4. However, many patients remain in diagnostic deadlock, likely due to the technical limitations of these methods, which potentially be overcome by emerging methodologies such as optical genome mapping (OGM)5,6,7,8,9. The investigators propose to systematically perform OGM in 30 patients presenting with MCA+/-ID who have inconclusive WGS result10. The main objective is to assess the contribution of OGM in identifying structural variants not detected or poorly characterised by WGS in this clinical context. This work will also contribute to the ongoing of OGM in routine diagnostics and determine its role in the overall genetic diagnosis of MCA+/-ID. Additionally it may lead to the identification of new candidate genes and/or mechanisms of pathogenicity. If the results are promising, further clinical could expand this preliminary work into a larger-scale project. Improving the genetic diagnosis of DD should enhance the medical management of patients, currently in diagnostic deadlock, and their families.
Les malformations congénitales résultent d'un trouble du développement (TD) embryonnaire ou fœtal touchant un ou plusieurs systèmes (cardiaque, squelettique, nerveux, etc.). On parle alors d'anomalies congénitales multiples (ACM). Elles peuvent être associées à une déficience intellectuelle (DI)1. L'analyse chromosomique par puce à ADN (CMA) et les panels de gènes ou le séquençage de l'exome sont respectivement les méthodes de référence pour le diagnostic chromosomique et moléculaire des TD2. Lorsqu'aucun diagnostic n'est établi après ces examens de première intention, un séquençage du génome entier en lectures courtes (WGS), via le Plan France Médecine Génomique 2020-2025 (AURAGEN), peut être envisagé. Cette approche permet d'obtenir un diagnostic chez près de 40 % des patients atteints de TD3,4. Cependant, de nombreux patients restent en impasse diagnostique, probablement en raison des limites techniques de ces méthodes, qui pourraient potentiellement être surmontées par des méthodologies émergentes telles que le mapping génomique optique (OGM)5,6,7,8,9. Les investigateurs proposent de réaliser systématiquement un OGM chez 30 patients présentant des ACM avec ou sans DI dont le WGS n'a pas été concluant10. L'objectif principal est d'évaluer l'apport de l'OGM dans l'identification de variants structuraux non détectés ou mal caractérisés par le WGS dans ce contexte clinique. Ce travail contribuera également à l'intégration continue de l'OGM dans le diagnostic de routine et permettra de déterminer sa place dans le diagnostic génétique global des ACM avec ou sans DI. Il pourrait en outre conduire à l'identification de nouveaux gènes candidats et/ou mécanismes de pathogénicité. Si les résultats sont prometteurs, des travaux cliniques ultérieurs pourraient étendre ce travail préliminaire à un projet de plus grande envergure. L'amélioration du diagnostic génétique des TD devrait améliorer la prise en charge médicale des patients actuellement en impasse diagnostique, ainsi que de leurs familles.
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